Кладбище названо по местности, оно было создано в Даниловской слободе. Разразившаяся в 1771 году эпидемия чумы побудила властей создать специальные кладбища за чертой города, одним из которых стало Даниловское. Территория чумного кладбища была разделена на 2 части: для православных и иноверцев. Так и существуют по сей день оба кладбища: православное (центральное) и мусульманское.

В дореволюционные годы на Даниловском кладбище, которое примыкало к купеческому Замоскворечью, хоронили представителей купечества, мещанства, а также ремесленников.

Для отпевания усопших на кладбище работала часовня священномучеников Херсонесских, которая со временем обветшала, а на ее месте в 30-х годах XIX века был возведен новый каменный храм Святого Духа.

История Даниловского кладбища связана с одной из самых почитаемых православных святых — Матроной Московской. Она была погребена на территории кладбища в 1952 году. В те годы храм Святого Духа был одним из немногих, действовавших в городе, поэтому Матронушка выбрала именно это кладбище, чтобы “слышать службу”. Могила Матроны стала местом паломничества.

В 1998 году мощи Матроны были перенесены в Покровский монастырь, в 1999 матушка была канонизирована. На месте могилы Матроны на кладбище стоит небольшая часовня, туда по сей день приходят паломники.

Также люди приходят помолиться к могилам старца иеромонаха Исайи и афонского иеромонаха Аристоклия.

На Даниловском кладбище есть братская могила солдат, погибших в боях Великой Отечественной и умерших от ранений в госпиталях. Над братской могилой возведен мемориал.

Могилы известных личностей на Даниловском кладбище

XX век

Иван Дмитриевич Ковальченко (1923—1995) — советский и российский историк, специалист в области экономической истории России, один из основоположников советской клиометрической школы.

Афанасий Матвеевич Селищев (1886—1942) — советский лингвист-славист.

Сергей Николаевич Дурылин (1886—1954) — русский педагог, богослов, религиозный писатель и поэт.

Илья Семёнович Остроухов (1858—1929) — русский художник-пейзажист, коллекционер.

Валерий Иванович Воронин (1939—1984) — советский футболист, полузащитник. Мастер спорта СССР международного класса.

Юрий Яковлевич Яковлев (1922—1995) — советский писатель и сценарист, автор книг для подростков и юношества.

Иван Михайлович Зайкин (1904—1968) — Герой Советского Союза, участник Великой Отечественной войны, полковник.

Илья Спиридонович Котов (1912—1961) — советский лётчик, командир экипажа самолёта Главного северного морского пути. Герой Советского Союза.

Николай Иванович Сидоров (1922—1945) — майор Рабоче-крестьянской Красной Армии, участник Великой Отечественной войны, Герой Советского Союза.

Борис Кузьмич Новиков (1925—1997) — советский и российский актёр театра и кино. Народный артист РФ.

XXI век

Махмуд Алисултанович Эсамбаев (1924—2000) — советский, чеченский артист балета, эстрадный танцовщик, хореограф. Народный артист СССР. Похоронен на мусульманском участке.

Сергей Сергеевич Аверинцев (1937— 2004) — советский и российский филолог, культуролог.